Nguồn gốc của Ninja
Hoạt động chủ yếu từ thế kỷ 15 đến thế kỷ 17, thời điểm bất ổn chính trị nhất trong lịch sử Nhật Bản, ninja (hay Shinobi) là danh xưng chỉ những cá nhân hay tổ chức đánh thuê chuyên hoạt động bí mật. Theo ghi chép, ninja là những người sử dụng nhẫn thuật Ninjutsu – loại hình chiến đấu biệt lập phát triển chủ yếu từ vùng Iga tại tỉnh Mie và làng Koka tại tỉnh Shiga. Khi Nhật Bản thống nhất năm 1603, vai trò của các phái Ninja cũng phai nhạt dần
Trong các tài liệu hiếm của Nhật Bản có ghi, ninja từng phò tá Chinh di Đại Tướng quân Tokugawa Iemitsu (1604 – 1651) dập tắt thành công phiến quân trong cuộc nổi loạn Shimabara (1637 – 1638) của tín đồ Thiên Chúa giáo. Vị Tướng quân thứ ba của gia tộc Tokugawa nổi tiếng đã thuê 8 ninja để giúp các võ sĩ samurai của mình đàn áp phong trào Shimabara. Ninja đã bí mật hoạt động về đêm và chiếm lại pháo đài Hara.
Có nhiều ghi chép lịch sử kể lại rằng ninja có nguồn gốc từ những chiến binh samurai chiến đấu hết lòng vì nhiệm vụ và danh dự. Hattori Hanzo, một ninja phái Iga nổi tiếng trong lịch sử, cũng là một võ sĩ samurai. Vị ninja này từng cứu sống Đại tướng quân Tokugawa Ieyasu (1543 – 1616), người có công thống nhất Nhật Bản năm 1603, và giúp Tokugawa Ieyasu lên nắm quyền.
Ninja là những điệp viên thời phong kiến được đào tạo những kỹ năng chuyên nghiệp
Ninja vẫn còn tồn tại?
Lịch sử Nhật Bản không thiếu những câu chuyện về gián điệp, ám sát, cải trang hay sử dụng những chiến thuật quân sự khôn khéo. Và những câu chuyện ấy không chỉ ninja mới có. Tương truyền, ở thế kỷ thứ 4, Hoàng tử Yamato Takeru của Vương triều Yamato đã cải trang thành một phụ nữ xinh đẹp và ám sát thành công hai tướng của quân thù. Hoàng tử về sau được tôn vinh như một ninja bậc tài, mặc dù những câu chuyện về ninja phải hơn 1.000 năm sau mới có.
Ngày nay, ninja thường mặc những trang phục rất hiện đại, họ được thuê làm gián điệp, vệ sĩ hoặc ám sát thuê. Cấp cao nhất của ninja là Jonin rồi đến Chunin và cuối cùng là Genin.
Ninja thường hoạt động tương đối bí mật, nên có rất ít tài liệu ghi nhận. Theo một số ghi chép, ninja là những điệp viên được đào tạo những kỹ năng chuyên nghiệp, họ là những chuyên gia lão luyện trong chiến tranh du kích. Mặc dù, hầu hết các kỹ thuật của ninja cổ xưa đều bị thất truyền, nhưng rất nhiều tổ chức vũ trang, đặc biệt là quân đội và cảnh sát của nhiều quốc gia vẫn duy trì huấn luyện các kỹ thuật tương đồng với ninja. Có tổng cộng 8 trường Võ thuật Ninja (Ninjutsu) tuyên bố mình có bí kíp võ thuật của Ninja cổ thế kỷ 12.
Mặc dù ăn mặc, sử dụng võ thuật và vũ khí chiến đấu khá giống nhau nhưng các nhóm ninja lại hoạt động theo các mục đích khác nhau. Có nhóm chuyên được thuê trong các hoạt động tình báo, có nhóm chuyên đi phá hoại, xâm nhập hoặc ám sát. Nổi tiếng trong giới ninja Nhật là hai phái Iga và Koga. Đây cũng là hai vùng đất sản sinh ra nhẫn thuật trong ninja và có hơn 70 tổ chức truyền những kỹ thuật này tại địa phương.